Obec Bertotovce bola založená v XVI. storočí a v starých kronikách sa spomína pod menom Villa Bertholdi. Toto meno dostala zaiste od prvého majiteľa, ktorého meno prešlo i na celý jeho majetok. Celý kraj bol kedysi ohromným lesom, nazývaným Spišským. Za kráľa Karola Róberta a jeho nástupcov bol tento les postupne rozdeľovaný zaslúžilým bojovníkom. Tí sa tu usídlili a poddaných privážali, odkiaľ sa dalo. Títo prisťahovalci boli cudzinci. To dokazujú niektoré mená, ktoré tu doteraz jestvujú, napr. Maicher, Makay, Adamis a pod.
V dobe husitských bojov na Slovensku boli už Bertotovce zriadenou obcou. Keď husiti tiahli zo Spišského hradu na Bardejov, tak v Bertotovciach odpočívali. Z tejto doby sa tu nezachovali žiadne pamiatky.
Zo začiatku sa tu často menili zemepáni. Neskôr sa tu natrvalo usadila rodina Berthoty. Po tomto zemepánovi má obec terajšie pomenovanie. Členovia tejto rodiny zastávali aj dôležitejšie úrady. Stanislav Berthoty sa stal roku 1532 šarišským županom a kapitánom Šarišského hradu. František Berthoty sa stal roku 1707 administrátorom.
V maďarskej kronike sa spomína, že grécky kupec Roza kúpil v roku 1729 od Berthotyho 34 sudov vína za 40 radov perál.
V roku 1709 vyčíňall v obci mor, ktorému padlo za obeť mnoho ľudských životov. Mor zúril aj v roku 1713. Dielo skazy dovŕšili v tomto roku ľadovec a veľké povodne.
Starý kostol stál pôvodne naproti škole, v terajšej Centkovej záhrade. Vzala ho povodeň v roku 1810. Len dva zvony sa podarilo zachrániť. Jeden zvon vraj zmyla voda a i teraz počuť jeho hlas spod zeme. Terajší malý zvon pochádza zo starého kostola. Dva zvony boli zhabané za bývalej svetovej vojny. Na svahu za kostolom bol cintorín. To miesto je označené krížom.
Terajší kostol bol postavený v roku 1865 nákladom Jána Lukáča, tunajším rodákom a farárom v Pečovskej Novej Vsi. Fara tu nebola. Najprv patrili Bertotovce ku fare v Križovanoch. Keď postavili kostol, prešli pod faru vo Fričovciach. Bohoslužby sa tu konali raz za mesiac.
V šesťdesiatych a sedemdesiatych rokoch minulého storočia navštevovali bertotovské deti hermanovskú a fričovskú školu. V Bertotovciach učili niektorí tunajší občania - roľníci. Títo vedeli iba čítať a písať. Boli to: Harkabus, Tkáč, Jánošík i Štefan Marinica, ktorý učil 14 rokov. Učiteľ brával deti do svojho bytu, ony sedávali na laviciach, rozostavených popri stenách. Do školy sa začalo chodiť na Martina (11. novembra), ale do Ďura (24. apríla) už málokto navštevoval školu. Platilo sa od žiaka po zlatke.
V roku 1900 bola zriadená štátna maďarská škola. Občania nechceli pre túto školu predať vhodný pozemok. Preto bola vystavaná poniže školy na obecnom pastvisku. Prvá škola bola drevená. Do budovy sa však čoskoro dostala pleseň, takže ju museli zbúrať. Na tom istom mieste bola potom vystavaná škola z kameňa, v ktorej bol v roku 1919 zavraždený František Majoch. Po tejto vražde bola i táto škola zbúraná.
V roku 1922 bol na tunajšiu školu pridelený prvý slovenský učiteľ a začalo sa vyučovať v starom kaštieli Berthotyho. Tento kaštieľ stál na mieste terajšej školy. V kaštieli sa učilo až do roku 1927. V roku 1927 bola postavená terajšia škola. Pozemok na školu dal Dr. Fuchs, advokát z Prešova. On totiž parceloval tunajšie veľkostatky a ako náhradu za dávku z majetku, ktorá vraj mala činiť asi 100 000 korún, dal obci tento pozemok. Stavbu školy robil staviteľ Paczelt z Prešova. Obec dodala stavebný kameň, tehly, štrk, piesok, drevo a záprahy. Tento materiál a práca bola odhadnutá na 32 000 korún. Staviteľovi obec vyplatila 68 000 korún. Celkový náklad na vybudovanie školy činil 100 000 korún. Obec dostala na stavbu školy od štátu subvenciu 32 000 korún a od okresu 1140 korún. Škola bola rozšírená na dvojtriednu v roku 1929. Od tohoto roku sa na škole vyučuje striedavo.
Počas 2. svetovej vojny 21. januára 1945 boli Bertotovce oslobodené vojakmi Červenej armády a Československej brigády. V našej škole mal svoj stan veliteľ Československej brigády generál Ludvík Svoboda. Zdržiaval sa tu tri dni. Odtiaľ vydával rozkazy k ďalším útokom.
Učitelia pôsobiaci na škole od jej zriadenia: Prvý maďarský učiteľ bol Eduard Orgoňáš, rodák z Veľkého Šariša. Po niekoľkoročnom účinkovaní bol preložený do Veľkého Šariša. Mená ďalších učiteľov nebolo možné zistiť, až meno učiteľky, ktorá tu pôsobila cez svetovú vojnu. Bola to Mária Sekeráková, rodom z Košíc. Prvým slovenským učiteľom bol výpomocný učiteľ Foltin, rodák zo Sečoviec. Prišiel sem v roku 1922. Učil tu len niekoľko mesiacov. Po ňom tu bol učiteľ Bachinger z Prešova, ale i ten tu bol len niekoľko mesiacov. V roku 1923 bola pridelená na školu dočasná učiteľka Irena Kaňuščáková. Po nej prišla Gizela Smolinská, rodáčka z Kežmarku. V roku 1927 bol na školu menovaný Michal Smolko, rodák zo Šindliara, ktorý študoval už ako ženatý. Jeho nástupcom bol Vladimír Bílý. Pôsobil na škole do 10. septembra 1929. V tomto roku bola škola rozšírená na dvojtriednu. Za správcu bol menovaný Jozef Dudra a za druhú silu jeho manželka Mária Dudrová. V školskom roku 1936/37 sa správkyňou školy stala Emília Smolková a k nej bola pridelená sila Emília Martinčeková. V roku 1940 tu pôsobil Dezider Kovalčík spolu so svojou paňou Anastáziou Kovalčíkovou. V roku 1945 bol na tunajšiu školu menovaný Alexander Gargalovič ako riaditeľ a ako druhá učiteľka jeho manželka Leopolda Gargalovičová. Na škole ešte pôsobili M. Kuchenová a Gizela Bednárová (manželka žandárskeho strážmajstra), ale v nezistenej dobe. V septembri 1956 sa stal riaditeľom František Šimčík a učiteľkou Jana Jacková. V roku 1961 sa riaditeľské miesto nezmenilo, ale na miesto učiteľa nastúpil Jozef Dulín zo Župčian. Novou riaditeľkou bertotovskej školy sa v septembri 1964 stala Božena Fenclová. V roku 1966 sa riaditeľom školy stal Filip Pavel a učiteľkou Eva Pavelová. Na zastupovanie prišla Mária Hajduková z Prešova. V školskom roku 1971/72 sa riaditeľom stal Andrej Varga a učiteľkou Antónia Hižnayová. Nová učiteľka Bodnárová učila v Bertotovciach v roku 1973/74 a počas roka ju vystriedala Tatiana Redajová. V jeseni roku 1974 sa novou riaditeľkou školy stala Irena Zahoráková a o rok neskôr k nej pribudla aj pani učiteľka Amália Mošková. Školský rok 1983/84 sa začína so zásadnými zmenami. Odbor školstva pri ONV v Prešove rozhodol o zmene doterajšej dvojtriednej školy na jednotriednu s prvým, druhým a tretím ročníkom. Riaditeľkou školy naďalej ostáva Amália Mošková. Pri nezmenenej organizácii zaujíma post riaditeľky školy v školskom roku 1992/93 Kvetoslava Lesňáková. Doteraz posledným riaditeľom, ktorý začal v bertotovskej škole pôsobiť od septembra 1996, je Valentín Šefčík. V školskom roku 1999/2000 došlo k opätovnej zmene z jednotriednej na dvojtriednu školu. Novou učiteľkou, ktorá v septembri nastúpila na novovzniknuté učiteľské miesto, bola Ľudmila Gogová.